Podle nových směrnic pražského ústředí ilegální KSČ měly skupiny od začátku roku 1942 přistoupit k opatřování zbraní a k diverzní činnosti zejména na železnicích. I na Českobudějovicku došlo k sabotážím, např. již v prosinci 1941 hlásilo gestapo čtyři případy naříznuté brzdové hadice mezi vagony, vsypání písku do ložisek vagónů, poškození zámku vlaku a vykolejení, … V březnu 1942 byl v nákladním voze na nádraží v Českých Budějovicích založen požár. Celý náklad pro zásobování wehrmachtu shořel. Do ozbrojené a sabotážní činnosti byla zapojena i organizace v Lipí. V polovině roku 1942 přivezl Václav Jareš asi pět pistolí a asi 200 nábojů, trhavinu a balíček tiskovin z Prahy a předal to při setkání v Ševětíně Františku Vondráčkovi a Františku Šturmovi. Co následovalo? Ze zprávy gestapa z 8.2.1943 lze vyčíst, že František Vondráček byl gestapem zadržen 20.1.1943 spolu s dalšími 15 osobami. Psychická vyčerpanost přivedla nakonec Františka Vondráčka také k sebevraždě, údajně v českobudějovické věznici, jak vzpomínal František Šturma, který se o ní dozvěděl od dozorce Jungwirta. Není ale vyloučena ani možnost, že František Vondráček zemřel na následky surového výslechu, jak se domnívá Marie Traplová.
V Lipí byl zatčen 23.1.1943 Jaroslav Antropius a 25.1.1943 František Šturma gestapákem Neubauerem z Homol a Laurenzem Lexou z Mladého. Byl podroben desítkám výslechů, při nichž vyslýchající gestapáci Lexa, Mai a Silkestet mu předkládali fotografie již mrtvého Jareše. O jeho smrti již Šturma věděl, proto se nemusel bát konfrontace při svém výslechu. Gestapo odvedlo z Lipí ještě asi deset dalších lidí, ale výslechy a konfrontace gestapu příliš nepomohly. Nacisté vždy naráželi na solidární hradbu mlčení.
Za ilegální činnost byla v Lipí dále zatčena 4.3.1943 Marie Šturmová – Traplová, téhož dne i Jan Kamlach, 17.4. František Vyžrálek, 23.4. Antonín Hofhanzl a další. Gestapo přijelo do Lipí také pro Františka Kamlacha. Tomu se však podařilo uniknout zatčení tím, že starosta obce Lipí František Trapl předložil gestapu při zjišťování totožnosti kartotéční list jiné zemřelé osoby stejného jména. Gestapáci se dokonce šli o pravdivosti záznamu přesvědčit až ke hrobu zemřelého.
Byli zatčeni i odbojáři ze závodní buňky v Lauterbach a Vacek. Po týdenním tvrdém výslechu Antonína Přibyla se gestapo dozvědělo další jména.
Ani pražské ústředně ani budějovické služebně gestapa se však nepodařilo zjistit nic podstatného, i když zatčení byli ve vyšetřovací vazbě v Českých Budějovicích drženi velmi dlouho. František Šturma od 25.1.1943 do 6.1.1944. Případ byl v lednu 1944 uzavřen jako nedořešený, zatčení nebyli souzeni, většinou byli posláni do koncentračních táborů v Terezíně, Flossenburgu, Osvětimi, Ravensbrücku, Neubraudenburgu, …